Los más importantes por su frecuencia son los relacionados con la disfagia y la reaparición del reflujo. La mayor parte de éstos síntomas se reducen o desaparecen en las semanas siguientes a la intervención, cuando la intensidad y/o la duración de alguno de estos se hace clínicamente relevante es fundamental no precipitarse en la toma de decisiones terapéuticas.

La presencia de disfagia en el postoperatorio inmediato de la cirugía antirreflujo es un hecho frecuente con una incidencia que alcanza al 75% de los casos, se ha relacionado con la presencia del edema, hematomas o con hipomotilidad esofágica transitoria y desaparece en la mayoría de los pacientes en los 2-3 meses siguientes.
En general, excepto en situaciones de dificultad completa para beber beber o comer (afagia), no es preciso realizar pruebas diagnósticas ni actuaciones terapéuticas hasta después de 4-6 semanas.

La primera prueba cuando existen síntomas postoperatorios es un esofagograma con bario. Esta prueba proporciona información tanto anatómica como funcional de los cambios relacionados con la cirugía, pudiendo identificar la migración intratorácica de la funduplicatura, la disrupción de la misma o la dificultad de paso a nivel de la unión esófago gástrica con aparición de una columna de bario con un nivel. Estos patrones pueden justificar la clínica aparecida en el postoperatorio y determinar la conducta a seguir.

La endoscopia es una exploración indispensable en la mayor parte de los pacientes con síntomas tras cirugía anti-reflujo, informa de la presencia de estenosis de naturaleza orgánica así como de su gravedad. Puede mostrar la mayor o menor dilatación de la luz esofágica y un cardias cerrado que cuesta franquear más de lo habitual en los que refieren disfagia.

El porcentaje de pacientes con disfagia persistente es muy variable dependiendo de las series consultadas (3-24%), pero entre el 1 y el 3% requerirán dilatación endoscópica o cirugía.